Markus Rütten studierte Maschinenbau an der Helmut-Schmidt Universität in Hamburg. Anschließend promovierte er am Institut für Aerodynamik und Strömungstechnik des Deutschen Zentrums für Luft- und Raumfahrt in Göttingen. Seit 2006 ist er dort wissenschaftlicher Mitarbeiter und habilitiert an der Universität Kassel, Fachgruppe Strömungsmechanik.