Dr. Thomas von Lindheim war als Jurist lange Jahre im Gesamtdeutschen Institut, einer nachgeordneten Behörde des Ministeriums für innerdeutsche Beziehungen, tätig. Dort befasste er sich vorwiegend mit Fragen des DDR-Straf- und -Strafprozessrechts. Nach der Wende war er beim Bundesbeauftragten für die Unterlagen des Staatssicherheitsdienstes der ehemaligen DDR beschäftigt. Längere Zeit arbeitete er in der Forschungsabteilung der Behörde, unter anderem zum Thema HAI X des MfS