Axel Schröter wurde in Wolfhagen (Hessen) geboren. Er studierte an der Musikhochschule Detmold sowie den Universitäten Kassel und Paderborn Musikwissenschaft, Deutsche Philologie, Philosophie und Musikpädagogik. Seine Dissertation verfasste er über die Beethoven-Rezeption von Franz Liszt. Nach einem Referendariat für das Lehramt an Gymnasien (Wiesbaden) und einer Anstellung als Musikredakteur bei einem Münchner Tonträgerlabel profilierte er sich primär als Wissenschaftler. Axel Schröter war wissenschaftlicher Mitarbeiter am Sudetendeutschen Musikinstitut in Regensburg, im Sonderforschungsbereich 482 der Friedrich-Schiller-Universität Jena (Ereignis Weimar-Jena. Kultur um 1800) sowie in anderen DFG-Projekten. Derzeit liegt der Schwerpunkt seiner Arbeit auf der Erforschung und Erschließung thüringischer Musikaliensammlungen. Er lebt seit 2000 in Weimar.